La Fototeca dei musei civici di Ferrara, oggi conservata a Palazzo Bonacossi, nasce nel 1970 come servizio interno di documentazione del patrimonio comunale e delle attività di tutela e valorizzazione messe in atto dalle istituzioni museali cittadine. Questa raccolta fotografica, attraverso scambi, specifiche campagne fotografiche, donazioni ed acquisizioni, raggiunge nel tempo una consistenza importante di oltre 150.000 negativi, 200.000 stampe, 30.000 diapositive, che conservano una vasta documentazione fotografica relativa, perlopiù, ai monumenti e alle opere d’arte ferraresi, ma anche all’evoluzione urbanistica ed edilizia della città. Il nucleo originario della collezione, di grande interesse per la memoria storica di Ferrara e del suo territorio, è costituito dal cosiddetto fondo Medri. 

La raccolta fotografica dello storico direttore dei Musei Civici Gualtiero Medri (1887-1970), donata dalla vedova Alma nel 1971, documenta la città, in scatti che vanno dagli anni Quaranta agli anni Cinquanta del Novecento. Accanto a questo primo nucleo, dal 1970 al 2000, si è andato a costituire il cosiddetto Archivio Topografico, costituito da quasi 50.000 stampe fotografiche raccolte in oltre 250 buste, finalizzato ad una raccolta il più possibile sistematica di documentazione relativa al patrimonio ferrarese. Arricchimenti significativi sono derivati da acquisti, donazioni e depositi, come il Fondo Vecchi&Graziani, il Fondo Bondanelli, quello De Rubeis, Venturelli e Mentessi. Da ultimi provengono in Fototeca i cosiddetti Fondi “Ufficio Centro Storico”, “Comune di Ferrara”, e “Lavori Pubblici (LLPP)” che raccolgono scatti di grande interesse per la storia urbanistica della città documentando il fermento edilizio degli anni Trenta, la ricostruzione post bellica e il sorgere di nuovi quartieri negli anni Cinquanta e Sessanta.