Come imponeva la regola dell’ordine, la scelta del sito sul quale erigere la Certosa cadde su un luogo lontano dal centro abitato.

Tale isolamento fu però breve: già pochi decenni dopo, con il compiersi dell’Addizione erculea, il complesso venne racchiuso nella cerchia delle mura, ma assunse ancora maggiore prestigio. La nuova centralità fu presto sottolineata dall’attuale grande chiesa a croce latina con una sola navata e sei cappelle laterali, che costituisce ancora oggi una delle opere più originali del Rinascimento ferrarese, attribuibile a Biagio Rossetti. 

Le dimensioni di questo ambiente danno la misura della ricchezza dell’ordine certosino che nei secoli arricchì il monastero e la chiesa di importanti opere d’arte. Tra queste spiccano gli altari laterali, opera di Nicolò Roselli ed Ercole Aviati, e le pale nei transetti realizzate da Bastianino e della sua bottega. Alla fine del Settecento, a seguito delle soppressioni napoleoniche, i monaci persero la proprietà sia del tempio che del monastero il quale, dopo varie vicissitudini, venne acquisito dal Comune di Ferrara e trasformato in pubblico cimitero. Con la riapertura al culto nel 1813, dopo forti trasformazioni e restauri, la chiesa venne destinata anche a luogo di conservazione di opere provenienti da oratori e confraternite soppresse che oggi ornano le pareti delle cappelle laterali. 

La seconda guerra mondiale ha inferto ferite gravissime: nell’estate del 1944 un bombardamento ha distrutto parzialmente l’abside, il coro, il lato destro della chiesa e il campanile. Nel corso del dopoguerra e nei decenni successivi si sono susseguiti diversi vari interventi di manutenzione, interrotti dai nuovi danni inflitti dal terremoto del 2012. Un’imponente campagna di restauro ha consentito a San Cristoforo di riacquistare accanto alla sua originaria funzione sacra anche l’importante ruolo culturale di monumento fra i più significativi e preziosi del patrimonio storico-artistico locale.