ll museo pubblica una rivista scientifica con periodicità annuale e vari altri volumi legati alle attività scientifiche, didattiche e divulgative. La rivista scientifica attualmente in pubblicazione è Quaderni del Museo Civico di Storia Naturale di Ferrara, ISSN 2283-6918. Oltre ad articoli prodotti dallo staff del Museo, la rivista accoglie lavori proposti da altri ricercatori. Si articola nelle sezioni Geologia e Paleontologia, Botanica, Zoologia, Ecologia, a cui si aggiunge una rubrica sulle attività svolte dal Museo.
Tutti i manoscritti sono vagliati dal comitato di redazione e da due revisori indipendenti, in modo da garantire la qualità degli articoli. Un articolo approvato verrà pubblicato entro la fine dell’anno solare.
Nel dicembre 2025 è uscito il 13° volume della serie: è possibile scaricare il volume come file pdf gratuito.
