Se alcuni furono destinati ad utilizzi diversi da quelli originari, molti vennero presto restituiti alle loro funzioni religiose, pur rimanendo parte del patrimonio civico cittadino.

È così che ancora oggi il Comune di Ferrara è proprietario di chiese e monasteri, provvedendo alla manutenzione e valorizzazione del patrimonio storico artistico. La gestione cultuale degli spazi è invece affidata, tramite specifici accordi e convenzioni, all’Arcidiocesi di Ferrara-Comacchio o ai diversi ordini religiosi. Le opere e gli arredi sacri, acquisiti dal Comune insieme agli immobili, sono lasciati nei rispettivi luoghi di appartenenza conservandone la funzione.