La chiesa di Santa Libera, attuale sede del Lapidario, fu fatta erigere di fronte a Palazzo Schifanoia da Antonio Angelici nel XV secolo per i frati agostiniani dell’attiguo convento di Sant’Andrea. Utilizzata fino al 1596 come oratorio, fu poi venduta all’Arte dei muratori che provvide a restaurarla e abbellirla. Dopo l’invasione francese del 1796 la chiesa fu adibita ad usi impropri, divenendo magazzino, stalla, laboratorio e infine officina metallurgica fino al 1979, quando l’amministrazione comunale ne ha disposto il recupero e il restauro per destinarla a Museo Lapidario.

Quest’ultimo fu istituito nel 1735 dal marchese Ercole Bevilacqua che donò alla città una stele romana di provenienza locale per festeggiare la sua rielezione a Giudice dei Savi. La formazione della raccolta si compì tra il Settecento e i primi anni dell’Ottocento, con donazioni di studiosi ed eruditi ferraresi, quali Girolamo Baruffaldi e Giuseppe Antenore Scalabrini, e si arricchì grazie a nuove scoperte archeologiche e a campagne di distacchi dei marmi reimpiegati nelle chiese e nei monumenti della città e dei dintorni.

Oggi il Lapidario conserva materiali di diversa provenienza che costituiscono la principale documentazione del popolamento romano del territorio del Delta del Po. È caratterizzato soprattutto da prodotti di artigianato funerario tra cui steli, cippi e sarcofagi, in cui si riconoscono influenze stilistiche venete e ravennate. Tra i materiali lapidei, si segnala in particolare la stele del medico Pupius (I sec. d.C.), liberto addetto al culto dell’imperatore, e il grande sarcofago degli Aurelii (III sec. d.C.) rinvenuto nel 1713 nell’area archeologica di Voghenza.